早期生信脚本归档

这些脚本是我早年进行生物信息分析时积累的工作片段，按历史状态归档。

它们反映的是当时的分析场景、数据格式和工程习惯，不代表当前推荐的实现方式；这里也不把它们包装成仍在维护的软件项目。

源码归档

• Python scripts
  • PacBio 处理工具：围绕 PacBio / SMRT 数据整理、读取和 XML 文件处理的早期脚本。
  • GTF 注释统计
  • BLAST 表格 span 过滤：根据 subject 坐标跨度过滤 BLAST tabular 输出。
  • 杂项脚本：包括代码收集和爬虫 demo 等。
• Perl scripts
  • SAM / mpileup 过滤脚本：包含 mpileup、SAM 和 PacBio reads 相关处理。
  • PacBio reads 提取与 adapter 处理：包括 CCS、subreads、特定 reads 和 adapter 相关脚本。
  • duplexes 相关脚本：用于早期小 RNA / reads 配对分析流程。